Styrelsen för psykologiskt försvar (SPF) fick i april 2001 Regeringens uppdrag att sammanställa material om Estoniakatastrofen från svenska arkiv. SPF upphörde den 31 januari 2008 och ansvaret för Estoniasamlingen fördes över till Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB) den 1 januari 2009. Den 1 april 2011 övergick förvaltningsansvaret för Estoniasamlingen från Myndigheten för samhällsskydd och beredskap till Riksarkivet.